L'épidémie de grippe aviaire qui a sévit dans le sud-est de l’Asie a montré la possibilité de transmission de la maladie de l’homme à l’homme. En effet, deux jeunes filles dans le nord du Vietnam auraient été infectées (selon l'OMS) par leur frère, lui-même infecté par le virus au contact d’oiseaux d’élevage…
Les réservoirs animaux joueraient un rôle important dans l'apparition de nouveaux variants chez l'homme. On pense que les oiseaux sont l'hôte original des virus de la grippe et que les virus grippaux aviaires constituent un gisement important de gènes viraux. Il est maintenant démontré que les virus aviaires peuvent se transmettre directement à l'homme et provoquer des cas humains de grippe.
Ce sont les oiseaux sauvages et principalement les oiseaux aquatiques migrateurs, notamment les anatidés (canards, oies, ...), qui constituent le réservoir des virus influenza.
Les virus influenza peuvent infecter de très nombreuses espèces animales et le concept de "barrières d'espèces" influence peu leur écologie.
Tous les virus influenza A isolés chez les mammifères proviennent du pool des gènes influenza aviaires. Les différentes lignées virales sont de façon prédominante spécifiques à un hôte; cependant, des échanges périodiques interspécifiques de gènes viraux, ou même de virus influenza sont observés et ont pour conséquence l'émergence de pandémies chez l'homme, les petits mammifères et les oiseaux. Le pool des gènes du virus de l'influenza présent chez les oiseaux aquatiques est probablement perpétué par la transmission virale continue dans ces espèces à un taux faible tout au long de l'année. Le porc joue le rôle d'intermédiaire dans les échanges de matériel génétique viral entre les virus influenza des oiseaux et de l'homme par le biais du phénomène de réassortiment génétique.
Par ailleurs,les dindes et volailles guéries restent porteuses de virus influenza durant plusieurs mois, elles constituent donc également une source de contamination pour d'autres volailles. D'autre part, comme pour la plupart des maladies virales, de nombreux objets souillés peuvent jouer le rôle de vecteur inanimé (bottes, habits, véhicules de transport...)
Une transmission aérogène, bien décrite pour l'homme et le porc, n'a jamais pu être démontrée dans le cas des oiseaux.
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